Trong các nghiên cứu ngắn hạn và lâu dài, các tác dụng phụ sau đây không kể đến nguyên nhân đã được báo cáo ở những bệnh nhân điều trị với Rabeprazole.
Toàn thân: Suy nhược, sốt, phản ứng dị ứng, ớn lạnh, khó chịu, đau ngực dưới xương ức, cứng cổ, phản ứng nhạy cảm ánh sáng.
Hệ tim mạch: Cao huyết áp, điện tâm đồ bất thường, đau nửa đầu,ngất, đau thắt ngực, hồi hộp, nhịp xoang tim chậm, nhịp tim nhanh.
Hệ tiêu hóa: Tiêu chảy, buồn nôn, đau bụng, nôn mửa, khó tiêu, đầy hơi, táo bón, khô miệng, ợ hơi, viêm dạ dày ruột, xuất huyết trực tràng, đại tiện máu đen, chán ăn, loét miệng, khó nuốt, viêm lợi, viêm túi mật, tăng sự thèm ăn, viêm kết tràng, viêm thực quản, viêm lưỡi, viêm tụy, viêm trực tràng.
Hệ nội tiết: Cường giáp, nhược giáp.
Hệ máu và bạch huyết: Thiếu máu, mảng bầm, bệnh hạch bạch huyết.
Rối loạn chuyển hóa và dinh dưỡng: Phù ngọai biên, tăng cân, mất nước, giảm cân.
Hệ cơ xương: Đau cơ, viêm khớp, vọp bẻ chân, bệnh khớp, viêm túi thanh mạc.
Hệ thần kinh: Mất ngủ, lo âu, chóng mặt, suy nhược, căng thẳng, buồn ngủ, tăng trương lực, đau thần kinh, hoa mắt, co giật, giảm khả năng tình dục, bệnh thần kinh, dị cảm, run.
Hệ hô hấp: Khó thở, hen, chảy máu cam, viêm thanh quản.
Da và các phần phụ: Nổi ban, ngứa, toát mồ hôi, mề đay, chứng rụng lông tóc.
Các giác quan đặc biệt: Đục thủy tinh thể, giảm thị lực, tăng nhãn áp, khô mắt, thị giác bất thường, ù tai, viêm tai giữa.
Hệ niệu-dục: Viêm bàng quang, tiểu thắt, thống kinh, khó tiểu, xuất huyết tử cung, đa niệu.
Các giá trị xét nghiệm: Những thay đổi sau trong các thông số xét nghiệm đã được báo cáo như những tác dụng phụ: Bất thường tiểu cầu, albumin niệu, creatinine phosphokinase tăng, hồng cầu bất thường, tăng cholesterol huyết, tăng đường huyết, tăng lipid huyết, giảm kali huyết, giảm natri huyết, tăng bạch cầu, xét nghiệm chức năng gan bất thường, SGPT tăng, nước tiểu bất thường.
Điều trị phối hợp với amoxicillin và clarithromycin. Trong các thử nghiệm lâm sàng điều trị phối hợp Rabeprazole véi amoxicillin và clarithromycin (RAC), không thấy có tác dụng phụ nào do sự phối hợp thuốc gây ra. Không có những bất thường xét nghiệm đáng kể trên lâm sàng do bởi sự phối hợp thuốc.